Ferdinand I có ba người con trai sống đến tuổi trưởng thành, ông đã theo truyền thống nhà Habsburg chia các vùng đất của mình cho họ khi chết vào năm 1564. Điều này làm cho Áo suy yếu đáng kể, đặc biệt là giữa lúc Ottoman đang bành trướng. Mãi cho đến triều đại của Ferdinand III (Đại Công tước 1590–1637), họ mới được thống nhất một lần nữa vào năm 1620 mặc dù chỉ trong một thời gian ngắn cho đến năm 1623. Mãi đến năm 1665, dưới thời Leopold I, các vùng đất của Áo mới được thống nhất hoàn toàn.

Trong 60 năm tiếp theo, Chế độ quân chủ Habsburg được chia thành ba khu vực pháp lý:

• "Hạ Áo" - Các Công quốc Áo, Bohemia được chuyển cho nhánh của Karl II năm 1619.
  • Maximilian II (1564–1576); Rudolf V (1576–1608); Matthias (1608–1619)
• "Thượng Áo" - Tyrol và Ngoại Áo được chuyển cho dòng của Maximilian II năm 1595 (dưới sự quản lý của Maximilian III, 1595–1618).
  • Ferdinand II (1564–1595)
• "Nội Áo"
  • Karl II (1564–1590); Ferdinand III (1590–1637)

Là con trai cả, Maximilian II và các con trai của ông đã được ban cho các lãnh thổ "cốt lõi" ở Hạ và Thượng Áo. Sau khi Ferdinand II chết, các vùng lãnh thổ của ông (năm 1595) được truyền cho Rudolf V (1576–1608), con trai của Maximilian II.

Maximilian II được kế vị bởi ba người con trai, không ai trong số họ có người thừa kế còn sống, vì vậy, nhánh này đã tuyệt tự vào năm 1619 sau sự thoái vị của Albrecht VII (1619–1619). Vì vậy, con trai của Karl II là Ferdinand III được thừa kế toàn bộ vùng đất của nhà Habsburg. Tuy nhiên, ông nhanh chóng mất Bohemia, nơi đã nổi dậy vào năm 1619 và có một thời gian ngắn (1619–1620) được cai trị bởi Frederick I. Vì vậy, tất cả các vùng đất lại nằm dưới quyền một người cai trị vào năm 1620 khi Ferdinand III xâm lược Bohemia, đánh bại Frederick I.

Mặc dù về mặt kỹ thuật là một vị trí được bầu chọn, danh hiệu Hoàng đế La Mã Thần thánh đã được truyền lại cho Maximilian II và hai con trai (Rudolf V và Matthias) kế vị ông. Albrecht VII chỉ làm Đại Công tước chỉ vài tháng trước khi thoái vị để ủng hộ Ferdinand III, người cũng trở thành hoàng đế.

"Hạ Áo"

Rudolf V (Đại Công tước, Hoàng đế Rudolf II 1576–1612) là con trai cả của Maximilian, ông đã chuyển thủ đô của mình từ Vienna đến địa điểm an toàn hơn là Praha trước mối đe dọa từ Ottoman. Ông được ghi nhận là một người bảo trợ lớn cho nghệ thuật và khoa học nhưng lại là một quân vương tồi. Trong số các di sản của ông có Vương miện Hoàng gia nhà Habsburg. Ông thích phân trách nhiệm cho các anh em của mình (trong đó có sáu người sống đến tuổi trưởng thành) nên dẫn đến sự không thống nhất về chính sách giữa các vùng đất. Trong số này có em trai của ông là Matthias, ông này đã làm Toàn quyền Áo năm 1593.

Khi giành được "Thượng Áo" vào năm 1595, quyền lực của ông đã tăng lên đáng kể, các lãnh thổ Nội Áo còn lại nằm trong tay Ferdinand III khi đó mới 17 tuổi. Tuy nhiên, ông đã giao lại quyền điều hành cho Maximilian III, một người em trai khác. Năm 1593, ông kích động một cuộc xung đột mới với người Ottoman, những người đã tiếp tục các cuộc tấn công vào năm 1568 trong Cuộc chiến trường kỳ hay cuộc chiến mười lăm năm từ năm 1593 đến năm 1606. Không muốn thỏa hiệp và hình dung ra một cuộc thập tự chinh mới với kết quả thảm khốc, người Hungary vốn đang kiệt quệ đã nổi dậy vào năm 1604. Vấn đề Hungary càng trở nên trầm trọng hơn do những nỗ lực áp đặt cải cách ở đó. Do đó, ông giao Hungary cho Matthias, người đã ký Hòa ước Vienna với người Hungary và Hòa ước Zsitvatorok với người Thổ Nhĩ Kỳ vào năm 1606. Kết quả là tạo nên Transylvania độc lập theo đạo Tin lành.[26]

Những sự kiện này đã dẫn đến xung đột ( Bruderzwist ) giữa hai anh em.[27] Melchior Klesl bày mưu để đảm bảo sự thăng tiến của Matthias. Đến năm 1608, Rudolf đã nhượng lại phần lớn lãnh thổ của mình cho Matthias. Các xung đột sau đó dẫn đến việc Matthias bỏ tù anh trai mình vào năm 1611, người lúc đó đã từ bỏ mọi quyền lực ngoại trừ tước hiệu hoàng đế hữu danh vô thực. Rudolf qua đời vào năm sau và được kế vị bởi Matthias.

Vì vậy, Matthias đã kế vị Vương triều vào năm 1608 và trở thành hoàng đế vào năm 1612 cho đến khi ông qua đời vào năm 1619. Triều đại của ông được đánh dấu bằng cuộc xung đột với em trai của mình là Maximilian III, một người Công giáo không khoan nhượng hơn và được ủng hộ Ferdinand II nhiệt thành không kém ở "Nội Áo" làm người kế vị, Ferdinand từng là nhiếp chính của Maximilian từ năm 1593 đến 1595 trước khi tiếp quản "Thượng Áo". Các cuộc xung đột làm nhà Habsburg yếu hơn so với các địa chủ và người theo đạo Tin lành. Matthias chuyển thủ đô trở lại Vienna từ Praha và ký thêm hòa ước với người Thổ vào năm 1615. Trong khi đó, lòng nhiệt thành tôn giáo trong đế chế đang gia tăng và thậm chí Klesl hiện là Giám mục của Vienna (1614) và Hồng y (1615) đã được xem xét bởi những tín đồ Công giáo cực đoan, kể cả Ferdinand II. Chiến tranh đang bùng phát và cuộc tấn công vào hai quan chức cấp cao ở Praha vào ngày 23 tháng 5 năm 1618 (Vụ vất người qua cửa sổ ở Praha) là để châm ngòi cho chiến tranh. Matthias giống như anh trai Rudolf của mình, ngày càng bị cô lập bởi Ferdinand, người đã giam cầm Klesl.

Người anh kế vị vào năm 1619 là Albrecht VII nhưng chỉ tại vị trong vòng vài tháng, ông ta đã bị thuyết phục từ chức để ủng hộ Ferdinand II.

Cải cách và Phản cải cách

Tôn giáo đóng một vai trò quan trọng trong nền chính trị thời kỳ này, ngay cả sự khoan dung cũng có giới hạn của nó khi đối mặt với những yêu cầu không phù hợp của cả hai phe. Là Đại Công tước gần gũi nhất với mối đe dọa của Thổ Nhĩ Kỳ, Maximilian II đã tiếp tục chính sách khoan dung và hòa giải của cha mình, ban hành Assekuration (hợp pháp hóa đạo Tin lành cho giới quý tộc) vào năm 1571, cũng như Karl II với Religionspazifikation vào năm 1572, khi ở Tyrol xa xôi, Ferdinand II có thể đủ khả năng để trở nên hung hãn hơn. Các chính sách của Maximilian II được tiếp tục bởi các con trai của ông, Rudolf V và Matthias. Sức mạnh của cuộc Cải cách ở Thượng Áo đã bị suy giảm bởi sự chia rẽ nội bộ trong khi ở Hạ Áo, Melchior Khlesl đã dẫn đầu một phản ứng Công giáo mạnh mẽ, trục xuất những người truyền đạo Tin lành và thúc đẩy cải đạo.[28] Sự nhượng bộ tiếp theo của Karl II vào năm 1578 là Brucker Pazifikation vấp phải nhiều sự phản đối hơn.[26]

Phục hưng Công giáo bắt đầu mạnh mẽ hơn vào năm 1595 khi Ferdinand II theo Dòng Tên đến tuổi trưởng thành. Ông đã kế vị cha mình, Karl II ở Nội Áo vào năm 1590 và rất hăng hái trong việc trấn áp tà giáo ở các tỉnh mà ông cai trị. Ủy ban Cải cách đã bắt đầu một quá trình cưỡng ép tái công giáo hóa và đến năm 1600 đã áp dụng ở Graz và Klagenfurt.[26][29] Không giống như các nhà cầm quyền trước đây, Ferdinand II không quan tâm đến ảnh hưởng của xung đột tôn giáo đến khả năng chống chọi với quân Ottoman. Phong trào Phản Cải cách sẽ tiếp tục kéo dài đến cuối Chiến tranh ba mươi năm vào năm 1648.